本作以武藤游戏所在的DM时代数十年后的童实野市为舞台。这个时代的童实野市被称为“新童实野市”，是一个根据身份高低分为上层地带和下层地带的阶级社会，骑乘着摩托型决斗盘“D轮”进行的“骑乘决斗（Riding Duel）”十分流行。在新童实野市的下层地带“卫星（Satellite）”中与同伴们一起生活的不动游星，被对手——骑乘决斗的王者杰克·阿特拉斯抢走了自己最重要的卡“星尘龙（Stardust Dra...

游星等人终于发现，原来幸运杯是葛德温为了集合龙印者，并使他们的力量觉醒所举办的。另一方面在卫星区，一群名为“暗印人”的决斗者已经蠢蠢欲动，这正与游星和杰克两人在进行决斗时所看到的蜘蛛印记有关。暗印人能够展开令决斗者受到真实伤害的“黑暗决斗”，以及使用名为“黑暗同調”的新战法召唤出独特的黑暗同調怪兽，而且可以使用特殊怪兽“地缚神”。游星以建造连接卫星区和都市区的代达洛斯桥为条件，与其他龙印者一同前往...

与暗印人的战斗过了半年，连接卫星区和都市区的桥梁“代达洛斯桥”完成，彼此之间的界线终于消失了。全市建造了大量专为骑乘决斗而设的高速公路，并开发了“激速世界2”以取代以前的“激速世界”。然而，新的威胁已悄然来临，来自未来并持有强力怪兽·机皇帝的“伊利亚斯特尔”，企图毁灭新童实野市并改变历史。为了阻止他们，游星等人组成5D's队参加WRGP（世界骑乘决斗大赛）。WRGP以三人团体战进行...

在WRGP大赛中打败了新世界队的5D's队，原以为可以阻止圣柜摇篮的坠落，没想到历史出现变动，造成了圣柜摇篮在现实中出现并且下坠，游星等人决定前往阻止Z-ONE等人毁灭新童实野市的计划。在决斗中，乌鸦与秋成功拯救了被过去束缚的雪莉；为了守护同伴而赌上性命的龙亚作为最后一位龙印者觉醒，召唤出了生命洪流龙，也让阿波利亚找到了希望。与此同时，布鲁诺为了教导游星如何击败Z-ONE，与游星展...

故事的舞台在现代的意大利，政府机关“社会福祉公社”表面上是收容重伤残障的少女、给予医治和职业训练的福利机构，实际上却是对收容的少女进行义体改造，并投入药物洗脑，使她们成为对抗恐怖份子的尖兵。每位少女都搭配有一位辅佐官，这种组合被称为“fratello”，是意大利语中“兄妹”之意。少女们对辅佐官都具有（制约造成的）混合了爱情及亲情的绝对忠诚。与社会福址公社敌对的是被称为“五共和国派”的恐怖组织。该组...