故事开端为第一季故事的七年之后。高达模型对战的规则被革新，亦令其对战更受欢迎。虽然伊织诚和岭司得到第7回敢达模型对战世界大赛的冠军，也令学校圣凤学园沾光不少。不过，其“高达模型对战部”就只剩下部长—国中部3年级学生·星野文奈一人。在新比赛规则底下，如果要参加比赛必须以3人1组的参与战斗。而圣凤学园高达模型对战部郤因为人数不足的情况下难以出场。在偶然的之间，出现了一名转校生，就是跟随师傅修行多年次元...

ヤジマ商事の新型バトルシステムのテストパイロットとして、南の島のニールセンラボに招待されたチーム、トライファイターズ。しかし、新型システムの不具合により宿泊施設で待機する事に……。まるでリゾートの様な宿泊施設に盛り上がるセカイたちの前に現れたのは、同じくテストパイロットとして招待されたシア、ミナト、ギャン子の三人。南の島で再会したライバルたち、そんな彼らを謎の怪事件が待ち受けるのだった…。トライフ...