明治维新时期，敌我双方为了各自的理想和目标而奋勇厮杀。在此期间，名人志士不断涌现：大久保利通、木户孝允、坂本龙马、冲田总司。维新一派为了推动新时代的到来，不惜采取暗杀的手段，而绯村剑心正是众多刺客的中的一员。孤儿出身的绯村师从比古清十郎学习飞天御剑流剑法，年轻气盛的下山参战，在奇兵队中崭露头角。凭借一身的本领，绯村最终成为令幕府一派闻风丧胆的刽子手拔刀斋，同时他也和宿敌壬生狼斋藤一有过无数次对决。...

故事发生在维新政府建立之后的幕末时代。在一个小村庄里，生活着一位个性正直的少女神谷薰。村里有个名叫比留间五兵卫的男人，自称“拔刀斋”而到处作恶，阿薰为阻止五兵卫手持竹刀与之拼命，但却不是他的对手。五兵卫手起刀落，眼看阿薰性命难保，千钧一发之际，一位俊秀的红发剑士救下了她。 救下阿薰的剑心拿的是无法杀人的逆刃刀，却说自己就是杀人无数的“斩人拔刀斋”。阿薰对剑心产生了兴趣，她很想了解剑心的过去，想知道...