本作以武藤游戏所在的DM时代数十年后的童实野市为舞台。这个时代的童实野市被称为“新童实野市”，是一个根据身份高低分为上层地带和下层地带的阶级社会，骑乘着摩托型决斗盘“D轮”进行的“骑乘决斗（Riding Duel）”十分流行。在新童实野市的下层地带“卫星（Satellite）”中与同伴们一起生活的不动游星，被对手——骑乘决斗的王者杰克·阿特拉斯抢走了自己最重要的卡“星尘龙（Stardust Dra...

游星等人终于发现，原来幸运杯是葛德温为了集合龙印者，并使他们的力量觉醒所举办的。另一方面在卫星区，一群名为“暗印人”的决斗者已经蠢蠢欲动，这正与游星和杰克两人在进行决斗时所看到的蜘蛛印记有关。暗印人能够展开令决斗者受到真实伤害的“黑暗决斗”，以及使用名为“黑暗同調”的新战法召唤出独特的黑暗同調怪兽，而且可以使用特殊怪兽“地缚神”。游星以建造连接卫星区和都市区的代达洛斯桥为条件，与其他龙印者一同前往...

与暗印人的战斗过了半年，连接卫星区和都市区的桥梁“代达洛斯桥”完成，彼此之间的界线终于消失了。全市建造了大量专为骑乘决斗而设的高速公路，并开发了“激速世界2”以取代以前的“激速世界”。然而，新的威胁已悄然来临，来自未来并持有强力怪兽·机皇帝的“伊利亚斯特尔”，企图毁灭新童实野市并改变历史。为了阻止他们，游星等人组成5D's队参加WRGP（世界骑乘决斗大赛）。WRGP以三人团体战进行...

在WRGP大赛中打败了新世界队的5D's队，原以为可以阻止圣柜摇篮的坠落，没想到历史出现变动，造成了圣柜摇篮在现实中出现并且下坠，游星等人决定前往阻止Z-ONE等人毁灭新童实野市的计划。在决斗中，乌鸦与秋成功拯救了被过去束缚的雪莉；为了守护同伴而赌上性命的龙亚作为最后一位龙印者觉醒，召唤出了生命洪流龙，也让阿波利亚找到了希望。与此同时，布鲁诺为了教导游星如何击败Z-ONE，与游星展...

在初音岛上，樱花一年四季都在盛开，而我们的故事就发生在这个浪漫的地方。朝仓纯一（泰勇气 配音）是就读于风见学园的高中生，和别人不同的是，他拥有能够看见别人梦境的神奇能力。这一次，他又梦见了那个不知名的女孩，她的音容笑貌是如此的熟悉，可纯一就是记不起她的名字。这天，学 校新来了转学生芳乃樱（田村由香里 配音），令纯一吃惊的是，她竟然就是自己梦中的女孩。原来，樱是纯一幼时的玩伴，两人曾经许下了秘密的约...

故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦.....

谷山麻衣（名冢佳织 配音）是个有预知和感应能力的高一女生，机遇巧合之下认识了长相英俊、颇为自恋的涉谷一也（泰勇气 配音），原来他是个专业的狩灵师，还是专门调查灵异事件事务所的所长，他身边有个叫林兴徐的助手。麻衣所在的学校出现了谣传，说旧校舍被灵所诅咒。涉谷一也受到校长委托，来到学校调查。同时被叫来的，还有巫女松崎绫子、和尚滝川法生、驱魔者约翰·布朗和灵媒师原真砂子。一行人在展开调查之时，发生了种种...

故事发生在一个名为楢崎町的小镇上，这是一个拥有着神秘魔法力量的神奇小镇，在小镇的天空中，永远都挂着一道绚丽的彩虹，而在传说中，神明会实现居住在这个小镇里的人们每人一个愿望。天海春彦（泰勇气 配音）是从小到大都生活自镇上的青年，一天，班上来了一个名为深峰莉子（清水爱 配音）的转校生，让春彦没有想到的是，这个女孩竟然是自己的义妹，他们在年龄很小的时候分开了，想不到命运的红线令两人于此时此刻重逢。莉子的...

广野紘（下野紘 配音）梦想着有朝一日能够成为出色的少女漫画家，因为，身为高中生的他一边完成着学业，一边朝着自己的梦想不断迈进。一次偶然中，广野紘遇见了名为宫村宫子（田口宏子 配音）的女孩，这个女孩是广野紘学校里新来的转校生。宫村宫子似乎对广野紘十分有好感，对他纠缠不休，广野紘的青梅竹马新藤景（冈田纯子 配音）将这一幕幕看在眼中，心里十分失落。与此同时，热爱篮球运动的新藤景刚刚退出了社团，在体育馆中...

月臣学院高等部一年级的鸣海步（铃村健一 配音）拥有着极高的智商和缜密的推理能力，但即使是这样，小时候的他也一直都生活在哥哥鸣海清（井上和彦 配音）的阴影里。令他意想不到的是，两年前的某天，哥哥留下了“诅咒之子”的讯息后神秘失踪了。对于哥哥的失踪，鸣海步一直都耿耿于怀，他既想得知一直敬仰的哥哥的下落，又想弄清楚哥哥一直痴迷于研究的所谓的“诅咒之子”和“不为人知的真相”究竟是什么。鸣海步结识了学姐结崎...